Сотрудники НИЦ «Курчатовский институт» в сотрудничестве с другими российскими исследователями впервые выяснили, как взаимодействуют все возможные дипептиды со всеми возможными последовательностями двунитевых ДНК (днДНК). Работа позволит создать лекарственные препараты на основе дипептидов, обладающие, в частности, антиоксидантной, антибактериальной и противоопухолевой активностями.
Результаты исследования опубликованы в журнале Nucleic Acids Research. «В организме человека есть огромное количество коротких биологически активных пептидов. Они регулируют пищеварительные процессы и аппетит, артериальное давление и тонус сосудов, а также высшую нервную деятельность. Короткие пептиды могут обладать антиоксидантной, антибактериальной, противоопухолевой, антивозрастной или противовоспалительной активностями», — говорит ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной биофизики НИЦ «Курчатовский институт» — ПИЯФ, доктор физико-математических наук Михаил Петухов. Дипептиды — это короткие молекулы, состоящие из двух аминокислот. Они нетоксичны, не вызывают отторжения со стороны иммунной системы и легко проходят через клеточные мембраны в обоих направлениях. К тому же синтез дипептидов довольно дешëвый, что открывает перспективы для создания лекарств на их основе. Авторы новой работы решили проанализировать способность этих веществ связывать все возможные комбинации нуклеотидов в центральной части днДНК (в классической B-форме). Для этого им пришлось перебрать 108 тысяч вариантов пар дипептидов и последовательностей ДНК. Сделать это было важно, так как при выборе оптимального короткого пептида важны два фактора — селективность (избирательность взаимодействия с целевыми центрами ДНК) и степень сродства (прочность связывания). Учёные показали, что около 7% всех соединений способны селективно связываться с ДНК, хотя и с довольно небольшой степенью сродства. Авторы также впервые смогли идентифицировать 57 комплексов дипептидов с ДНК, которые одновременно обладали высокими степенью сродства и селективностью. Также биологи выяснили, какие структурные особенности этих биологически активных молекул могут обеспечить им «идеальное» взаимодействие с ДНК. Например, важным параметром оказалась длина пептида: чем она больше, тем выше селективность связывания. Работа учёных открывает новые возможности для разработки безопасных лекарственных средств, способных к эффективному и высокоселективному связыванию с целевыми центрами ДНК.